我國分析儀器的軟件研發(fā)相對比儀器制造更加落后，如我國引進的某些分析儀器至今還采用十幾年前的系統(tǒng)軟件。我國至今沒有建立分析儀器數(shù)據(jù)的格式標準；近年來在中國軟件版權(quán)登記中心登記具有知識產(chǎn)權(quán)的軟件主要是（財務、企業(yè)等）管理軟件與游戲軟件，沒有見到具有獨立知識產(chǎn)權(quán)的分析儀器系統(tǒng)軟件，更沒有開發(fā)工具軟件。

　　
我國分析儀器企業(yè)在軟件的研發(fā)上存在很多困難：
　　
1.分析儀器的軟件開發(fā)需要多方面的人才和知識基礎。如開發(fā)一個近紅外分析軟件除了需要較高水平的軟件工程人員外，還要光譜學、光譜儀器學、化學計量學算法、樣晶資源、化學分析等專業(yè)人員。軟件提供給用戶后還需要軟件維持、模型的轉(zhuǎn)移、修改的專業(yè)人員，這是我國目前分析儀器廠家所難以承受的。
　　
2.由于我國軟件的價值逐步提高，軟件開發(fā)人員缺乏。此外，我國現(xiàn)有的知識產(chǎn)權(quán)保護辦法不夠完善，軟件人員的價值不能充分體制。一般分析儀器廠家無法穩(wěn)定軟件專業(yè)人員，人員流失嚴重。
　　
3.我國分析儀器的軟件基礎相當薄弱，缺乏相應的開發(fā)工具軟件，所有的編程幾乎都要從頭做起。
　　
4.對分析儀器中軟件作用的認識還不統(tǒng)一，甚至還有人認為“搞軟件不花錢”，“軟件開發(fā)經(jīng)費不足”。
　　
“十五”計劃中應注意支持分析儀器的軟件研發(fā)和產(chǎn)業(yè)化
　　鑒于軟件在現(xiàn)代分析儀器中的作用與目前分析儀器軟件開發(fā)基礎薄弱，現(xiàn)有的企業(yè)難以完成高水平分析儀器的軟件開發(fā)。國家應在“十五”計劃中重點支持分析儀器基礎軟件的研發(fā)和產(chǎn)業(yè)化，由此產(chǎn)生的經(jīng)濟效益將是巨大的。并由此可能開發(fā)具有我國特點的小型智能分析儀器，這將對我國一些產(chǎn)業(yè)部門如農(nóng)業(yè)部門產(chǎn)生重要的作用。
　　
國家對分析儀器軟件開發(fā)的支持可以包括：
　　首先，國家組織力量，聯(lián)合攻關(guān)，建立我國分析儀器軟件的標準，如數(shù)據(jù)的格式標準、分析儀器數(shù)據(jù)庫的標準、分析儀器通訊協(xié)議的標準等。作為發(fā)展我國分析儀器軟件的基礎。
　　
其次，國家在“十五”計劃中投資支持“產(chǎn)、學、研”，組織力量，聯(lián)合攻關(guān)，研究、開發(fā)分析儀器的基礎軟件，包括基礎數(shù)據(jù)庫、分析儀器軟件基礎組件庫（包括分析儀器基礎硬件的驅(qū)動程序、基礎的數(shù)學算法包括矩陣運算、統(tǒng)計運算等，以及儀器分析的化學計量學算法、分析數(shù)據(jù)的前處理算法、分析結(jié)果的報表生成、圖譜輸出等分析儀器通用的基礎組件）；此外國家應支持開發(fā)建立適合我國儀器行業(yè)進行軟件二次開發(fā)的平臺。各分析儀器企業(yè)可以充分利用國家應投資支持開發(fā)的分析儀器基礎軟件，可以根據(jù)需要按一定的方式方便地得到開發(fā)平臺，作為軟件開發(fā)工具，應用基礎數(shù)據(jù)庫和組件庫的有關(guān)組件，只要另行開發(fā)一些專用的組件，進行系統(tǒng)集成，就可完成企業(yè)自己軟件的開發(fā)。由于企業(yè)的軟件開發(fā)人員可以利用軟件開發(fā)工具與大量基礎組件，大大降低了軟件開發(fā)的工作量與開發(fā)成本，開發(fā)出高水平的軟件，提高儀器的水平。按這樣的運做方式：國家投資，分析儀器全行業(yè)得益，提高儀器分析行業(yè)的整體水平。

此外，應成立一些非盈利為目標的開發(fā)服務中心，運用網(wǎng)絡技術(shù)，通過遠程分析、遠程教學、遠程診斷等遠程服務方式，提供必要的數(shù)據(jù)、技術(shù)、模型，幫助企業(yè)開發(fā)分析儀器軟件、幫助儀器軟件的用戶用好儀器與軟件。軟件的競爭主要是人才的競爭，在軟件人才的引入與穩(wěn)定方面各單位應給予支持。